Din punct de vedere al organizării juridice serviciul este persoană juridică, dispune de ştampilă cu Stema de Stat a R.M. Serviciul este condus de directorul general numit si eliberat din functie de către ministrul fint. Serviciul are în structura sa doi vicedirectori generali, un prim-vicedirector, şefii structurilor aparatului central şi subdiviziunilor teritoriale, numiţi de ministrul fin, la propunerea directorului general. Activitatea SCFR se desfăşoară pe baza programelor semestriale aprobate de directorul general al Serviciului, urmând verificarea corectitudinii şi legitimităţii aplicării actelor legislative şi normative în domeniul financiar-contabil, bugetar şi de preţuri.
Proiectul programului de activitate pentru aparatul central al serviciului, precum şi sarcinile centralizate se întocmesc de către Direcţia Generală Organizarea Muncii şi Control Intern a Departamentului până la data de 10 a ultimei luni din semestru.
La pregătirea către efectuarea controalelor şefii Direcţiilor aparatului central al Serviciului şi ale Direcţiilor Generale teritoriale: 1) formează echipa de revizori şi determină conducătorul ei; 2) membrii echipei de revizori studiază tematica controlului, actele legislative şi normative care regl. activit. obiectului supus controlului; 3) elaborează programul privind efectuarea controlului; 4) conducerea Serviciului aprobă Programul de control; 5) instruieşte echipa de revizie sau revizorul; 6) pregateste documentele necesare pentru deplasarea echipei de revizie la obiectul supus controlului, legitimaţia în scris privind autorizarea efectuării controlului etc. Legitimaţiile se semnează numai de conducerea Serviciului şi şefii Direcţiilor Generale teritoriale
Colaboratorii Serviciului sunt în drept:
a) să efectueze revizii şi controale asupra activităţii financiare, asupra documentelor contabile, dărilor de seamă; b) să efectueze controale reconvenţionale la agenţii
economici; c) să sigileze, în caz de necesitate, încăperile de casă, depozitele, arhivele, la depistarea unor falsificări şi altor abuzuri; d) să verifice la instituţiile bugetare autenticitatea documentelor contabile, a dărilor de seama s.a.; e)să pună problema tragerii la răspundere a persoanelor cu funcţii de răspundere, care încalcă prevederile legale; f) să constate contravenţii şi să aplice sancţiuni financiare şi amenzi conform legislaţiei; g) să înainteze în instanţele judecătoreşti acţiuni în conformitate cu legislaţia; h) s.a. imputerniciri prevazute de legislatie.