Cele mai importante boli au legaturi in primul rand cu deficientele sistemului imunitar, iar altele au legatura cu functionarea anormala a sistemului imunitar. Lipsa sau deficenta sistemului poate fi un fenomen primar, care este congenital sau capatat, sau poate fi secundar ca o consecinta a celorlalte boli, cum ar fi cancerul. Suprimarea (inabusirea) sistemului imunitar se poate intampla si ulterior unui tratament pentru alte boli, incluzand cancerul. Deficientele imune primare sunt de obicei congenitale si dintr-un sir de mai multe deficiente anormale mai blande incompatibile cu viata. Lipsa de limfocite B sau absenta de anticorpi sunt probleme comune, afectand o persoana din 500, si sunt de obicei asociate cu infectiile recidive (in primul rand cu bacteria). Acest tip de lipsa poate fi tratat cu injectii lunare de globule gamma, care contin multi anticorpi. Lipsa de limfocite T, imunitatea functionala si celulara sunt mai putin comune decat deficientele anticorpilor anteriori; sunt asociati cu infectiile virale si de la ciuperci si sunt mai putin raspunzatoare la tratament. Cele mai rele deficiente imunitare primare sunt cele in care lipsesc si limfocitele B, dar si limfocitele T, toate aceste sunt fatale fara tratament, cum ar fi transplantul pentru maduva oaselor. In ultimii ani deficientele imunitare capatate au atras atentia publica si a capatat sindromul deficientei imune.Deficientele imunitare secundare pot fi induse de medicamente toxice, cum ar fi cele folosite la tratamentul cancerului, sau din cauza malnutritiei, sau pot fi boli secundare, rezultate de la alte boli, de exemplu cancerul. Pot fi blande sau chiar severe, pot fi boli de tip B sau T, si sunt cele mai bine tratate prin calmarea problemelor primare.In general multe boli clasificate ca boli autoimune sunt probabil datorate greselilor de autoreglare a raspunsurilor imune normale. Greselile sistemului pot distruge sau rani celulele normale si substantele solubile normale, conducand la boli aparent clinice.O alergie este o reactie anormala la intalnirea unei substante care este in general inofensiva cu altele.